2016年3月1日，南京大屠杀史与国际和平研究院在侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念錧举行成立大会。南京大屠杀史与国际和平研究院院长由南京大学历史系教授张宪文担任，南京大屠杀遇难同胞纪念馆馆长张建军任执行院长。该院下设南京大屠杀史研究中心、抗日战争史研究中心、“慰安妇”问题研究中心、当代日本政治研究中心、和平学研究中心、国际和平学校等机构。

    南京大屠杀史与国际和平研究院是江苏省挂牌成立的重点高端智库，将统筹利用国内外各类智库资源和专业人才的能力。研究院智囊由我国跨学科的专家团队组成，学科涵盖历史、法律、社会学、心理学、政治学等。其中，历史专家由南京大学、上海师范大学、清华大学等校多年来从事南京大屠杀史、“慰安妇”问题、抗日战争史研究的顶尖学者组成。研究院将站在国际和平的高度，站在历史与未来的高度，不仅限于史学研究工作，还将就具体问题向政府部门提供建议、解决意见，并着力提升公民和平认知的国际视野和全球关怀。

   中心张连红教授、经盛鸿教授、齐春风教授、严海建副教授等多名成员应邀担任研究院研究员。